Primer-dimer-artefakter forekommer vanligvis ved et stort terskelsyklusnummer (vanligvis > 35 sykluser), som er høyere enn terskelsyklusnummeret for ønsket amplikon. Primer-dimerer øker markant når heterologt genomisk DNA tilsettes.
Hvor vil du se primer-dimere på en DNA-gel?
I ikke-kvantitativ endepunkt-PCR vil primer-dimer vises som et mer eller mindre svakt utstryk på en agarosegel, under produktbåndet av interesse.
Hvordan dannes primerdimerer?
Primer-dimerer dannes når to primere binder seg til hverandre, i stedet for til mal-DNA, på grunn av regioner med primerkomplementaritet.
Hvordan oppdager du primerdimere?
Den enkleste måten å se etter primer-dimerer på er for å sammenligne reaksjonene dine med den negative kontrollen din (vann i stedet for DNA eller RNA). Primer-dimerer vil fortsatt dannes i den negative kontrollen. Noen primersett er mer sannsynlig å danne dimerer enn andre.
Hvorfor vises primer-dimere?
For det meste sees primerdimerer på grunn av høy konsentrasjon av primeren i PCR-reaksjonsblandingen. Eller hvis det ikke er PCR-amplifikasjon og du kan se på primerdimer i agarosegelen. Hvis du er i stand til å se PCR-produktet, kan du redusere konsentrasjonen av prime og holde de andre forholdene like.