Siden sonikering potensielt kan degradere proteiner og denaturere proteinepitoper, vurderte vi deretter effekten av sonikering på proteinintegritet.
Kan sonikering skade proteiner?
Populære svar (1)
Standard sonikeringsprotokoll kan heller ikke forårsake proteinfragmentering- energien er for lav. Det bør ikke engang forårsake denaturering. Den kan denatureres når du sonikerer den for lenge og overoppheter prøven. Hvis du bruker nikkelkromatrografi, kan andre bånd bare være urenheter.
Kan sonikering bryte peptidbindinger?
Sonication kan norm alt ikke bryte opp et proteins primærstruktur fordi den strukturen (aminosyresekvensen) er konstruert av kovalente bindinger som er mange ganger sterkere enn hydrogenbindinger og sonikering kan gi energien som kreves for å bryte disse bindingene.
Bruker sonikering kjernemembranen?
A kort sonikering med lav energi kan forstyrre plasmamembranen uten å bryte for mange mitokondrielle eller kjernefysiske membraner som gir etter i taktiske mitokondrier.
Er sonikering nødvendig for proteinekstraksjon?
Vaskemiddeloppløseliggjøring (f.eks. SDS) som er nødvendig for isolering av membranproteiner, resulterer i et limlignende lysat primært på grunn av nukleinsyrer. Sonikering er derfor nødvendig i slike tilfeller for å forstyrre disse nukleinsyrene. Sonikering genererer mye varme og er ikke bra formange proteiner.