Kromosomkonformasjonsfangst (3C)-baserte metoder avslører kromosomorganisering i kjernen ved å bestemme den fysiske nærheten til par av punkter langs kromatin. De bevarer kromatininteraksjoner ved tverrbinding etterfulgt av fragmentering, ligering og sekvensering av interagerende regioner.
Hvordan fungerer kromosomkonformasjonsfangst?
Kromosomkonformasjonsfangst-på-brikke (4C) fanger interaksjoner mellom ett locus og alle andre genomiske loci. Det involverer et andre ligeringstrinn, for å lage selvsirkulariserte DNA-fragmenter, som brukes til å utføre invers PCR. … På en enkelt mikromatrise kan omtrent en million interaksjoner analyseres.
Hva er kromatinkonformasjonsfangst?
Chromatin Conformation Capture (3C) er en viktig teknikk som brukes for å studere kromatinstruktur, samt grunnlaget for flere andre derivatteknikker. … Protokollen involverer formaldehyd-tverrbinding av celler etterfulgt av kromatinisolering og fordøyelse med et restriksjonsenzym.
Hvordan fungerer Hi-C-sekvensering?
Hi-C-tilnærmingen utvider 3C-Seq til å kartlegge kromatinkontakter genomomfattende, og den har også blitt brukt for å studere in situ kromatininteraksjoner. I denne metoden kryssbindes DNA-proteinkomplekser med formaldehyd. Prøven fragmenteres, og DNA-et ekstraheres, ligeres og fordøyes med restriksjonsenzymer.
Hva er Hi-C-teknikk?
Den klassiske Hi-C-teknikken innebærer restriksjonsfordøyelse av et formaldehyd-tverrbundet genom med sekvensspesifikke restriksjonsenzymer, etterfulgt av utfylling og reparasjon av fordøyde ender med inkorporering av biotin-koblede nukleotider. De reparerte endene blir deretter re-ligert.
