Homologimodeller kan også brukes for å identifisere subtile forskjeller mellom relaterte proteiner som ikke alle har blitt løst strukturelt . Metoden ble for eksempel brukt til å identifisere kationbindingsseter på Na+/K+ ATPase og for å foreslå hypoteser om forskjellige ATPasers bindingsaffinitet.
Hva brukes homologimodeller til?
Homologimodellering er en av metodene for beregningsstrukturprediksjon som brukes for å bestemme protein 3D-struktur fra aminosyresekvensen. Det anses å være den mest nøyaktige av beregningsmetodene for prediksjonsstruktur. Den består av flere trinn som er enkle og enkle å bruke.
Hva er homologimodellering og hvorfor er det nødvendig?
Homologimodellering oppnår den tredimensjonale strukturen til et målprotein basert på likheten mellom mal- og målsekvenser, og denne teknikken viser seg å være effektiv når det gjelder å studere membranproteiner som er vanskelig å krystallisere som GPCR da det gir en høyere grad av forståelse av …
Hvordan lager du en homologimodell?
det er flere trinn involvert i homologimodelleringen
- malvalg ved å bruke målsekvensen din. For dette formålet kan du gjøre BLASTp-søk mot alle tilgjengelige proteinstrukturer (PDBs). …
- Justering av mal og målsekvens. …
- Kvaliteten på modellen din. …
- Forfiningav modellen din tilsvarende.
Hva gjør en god homologimodellering?
Hvis vi definerer en "svært vellykket homologimodell" som en som har <=2 Å rmsd fra den empiriske strukturen, må malen ha >=60 % sekvensidentitet med målet for en suksess pris >70 %. Selv ved høye sekvensidentiteter (60 %-95 %) har så mange som én av ti homologimodeller en rmsd >5 Å vs.
